Theo dự thảo, chi phí liên quan đến tổ chức phát hành, hoán đổi, mua lại, thanh toán gốc lãi trái phiếu Chính phủ bao gồm: Chi phí tổ chức phát hành, hoán đổi, mua lại trái phiếu Chính phủ của Kho bạc Nhà nước; chi phí tổ chức dịch vụ đấu thầu tín phiếu kho bạc tại Sở Giao dịch Ngân hàng Nhà nước Việt Nam; chi phí trả cho dịch vụ đấu thầu phát hành trái phiếu, dịch vụ đấu thầu mua lại trái phiếu của Sở Giao dịch chứng khoán; chi phí chi trả cho dịch vụ đại lý thanh toán gốc, lãi trái phiếu được đăng ký, lưu ký tại Trung tâm lưu ký; chi phí chi trả cho dịch vụ bảo lãnh phát hành trái phiếu; chi phí chi trả cho dịch vụ đại lý phát hành trái phiếu.

Việc chi trả được Bộ Tài chính dự kiến như sau: Kho bạc Nhà nước lập dự toán chi phí tổ chức phát hành, hoán đổi, mua lại trái phiếu Chính phủ. Dự toán chi phí tổ chức phát hành, hoán đổi, mua lại trái phiếu Chính phủ của Kho bạc Nhà nước được tổng hợp vào dự toán thu, chi ngân sách nhà nước hàng năm của Kho bạc Nhà nước theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước và các văn bản hướng dẫn.

Chi phí tổ chức đấu thầu tín phiếu kho bạc tại Sở Giao dịch Ngân hàng Nhà nước Việt Nam được hạch toán là chi phí hoạt động của Ngân hàng Nhà nước Việt Nam theo quy định của pháp luật về cơ chế tài chính.

Chi phí đấu thầu phát hành, đấu thầu mua lại tại Sở Giao dịch chứng khoán và chi phí đại lý thanh toán gốc, lãi trái phiếu qua Trung tâm lưu ký do ngân sách trung ương bố trí, Kho bạc Nhà nước chi trả cho 2 đơn vị nói trên.

Chi phí dịch vụ bảo lãnh phát hành, dịch vụ đại lý phát hành do ngân sách trung ương bố trí, Kho bạc Nhà nước thực hiện thanh toán cho tổ chức bảo lãnh chính, đại lý phát hành theo hợp đồng bảo lãnh phát hành, hợp đồng đại lý phát hành. 

Giá dịch vụ đấu thầu phát hành, giá dịch vụ đấu thầu mua lại trả cho Sở Giao dịch chứng khoán bằng 0,025% giá trị danh nghĩa trái phiếu phát hành theo phương thức đấu thầu được thanh toán cho SGDCK, nhưng tối đa không quá 500 triệu đồng/phiên đấu thầu (bao gồm cả phiên gọi thầu bổ sung nếu có); bằng 0,0075% giá mua lại trái phiếu Chính phủ theo phương thức đấu thầu được thanh toán cho SGDCK, nhưng tối đa không quá 150 triệu đồng/phiên đấu thầu.

Giá dịch vụ đại lý thanh toán gốc, lãi trái phiếu Chính phủ trả cho Trung tâm lưu ký là 0,02% giá trị gốc, lãi trái phiếu Chính phủ thực hiện thanh toán được chi trả nhưng tối đa không quá 400 triệu đồng/lần thanh toán gốc, lãi của một mã trái phiếu; 0,01% giá trị tín phiếu thực thanh toán được chi trả nhưng tối đa không quá 200 triệu (đồng/lần thanh toán gốc, lãi của một mã tín phiếu.

Dự kiến khi được ban hành, các nội dung trong Thông tư này sẽ thay thế các nội dung quy định tại Điều 40 Thông tư số 111/2015/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn phát hành trái phiếu Chính phủ tại thị trường trong nước; Điều 12 Thông tư số 150/2011/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn hoán đổi trái phiếu Chính phủ và Điều 20 Thông tư liên tịch số 92/2016/TTLT-BTC-NHNN của Bộ Tài chính và Ngân hàng Nhà nước Việt Nam hướng dẫn phát hành tín phiếu Kho bạc qua Ngân hàng Nhà nước Việt Nam.

Theo báo Hải quan