Trong giai đoạn chuẩn bị thực hiện dự án, Bộ GTVT đã có văn bản gửi UBND các tỉnh Bắc Ninh, Bắc Giang lấy ý kiến về chủ trương khảo sát, thiết kế, lập phương án thi công nạo vét luồng ĐTNĐ quốc gia tại các đoạn cạn từ km1+000 đến km30+000 sông Cầu. UBND tỉnh Bắc Ninh, Bắc Giang cũng đã có văn bản  gửi Bộ Giao thông vận tải thống nhất chủ trương thực hiện dự án. Bộ Tài nguyên và Môi trường cũng có quyết định phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường của dự án. Trên cơ sở ý kiến thống nhất của UBND các tỉnh Bắc Ninh, Bắc Giang, Bộ GTVT có văn bản chấp thuận chủ trương khảo sát, thiết kế, lập phương án thi công nạo vét duy tu luồng ĐTNĐ quốc gia kết hợp tận thu sản phẩm trên tuyến sông Cầu, đoạn từ km1+000 đến km30+000. Cục Đường thủy nội địa Việt Nam cũng đã có Quyết định  phê duyệt hồ sơ thực hiện của dự án cũng như văn bản việc chấp thuận phương án điều tiết khống chế đảm bảo ATGT đường thủy phục vụ thi công dự án.  Ngày 27/2/2015, UBND tỉnh Bắc Ninh có văn bản đồng ý cấp phép thi công trong phạm vi đê điều cho Công ty Cổ phần Trục vớt luồng hạ lưu nạo vét các đoạn cạn từ Km1+000 đến Km30+000 trên sông Cầu. Ngày 05/03/2015, Cục Đường thủy nội địa Việt Nam chủ trì, phối hợp với các cơ quan chức năng của tỉnh Bắc Giang (Sở TN&MT, Sở GTVT), UBND huyện Yên Dũng, UBND các xã: Quang Châu, Vân Trung, Yên Lư, Nham Sơn, Thắng Cương, Tư Mại; các cơ quan chức năng tỉnh Bắc Ninh (Sở TN&MT, Sở GTVT, Sở NN&PTNT), UBND huyện Quế Võ, UBND các xã: Việt Thống, Nhân Hòa, Bằng An, Quế Tân, Phù Lương, Phù Lãng, Châu Phong, Đức Long và đơn vị tư vấn tiến hành bàn giao mốc giới dự án.

Tuy nhiên, ngày 29/11/2016, UBND tỉnh Bắc Ninh có văn bản số 374/UBND-NN.TN gửi Bộ Giao thông vận tải đề nghị dừng thực hiện dự án đề khảo sát lại hiện trạng luồng khu vực dự án.  2 ngày sau, ngày 1/12/2016, Cục ĐTNĐ Việt Nam có văn bản số 2555 tạm dừng thực hiện dự án. Trên cơ sở báo cáo tình hình thực hiện dự án của Cục ĐTNĐ Việt Nam, ngày 14/12/2016, Bộ GTVT có văn bản số 14907 gửi UBND tỉnh Bắc Ninh, Bắc Giang và Cục ĐTNĐ Việt Nam, giao Cục ĐTNĐ Việt Nam chủ trì phối hợp với cơ quan chức năng của UBND tỉnh Bắc Ninh, Bắc Giang để kiểm tra hiện trạng luồng thuộc phạm vi dự án.

Khi dự án đang được tạm dừng, theo phản ánh của một số doanh nghiệp vận tải thủy và phương tiện thông tin đại chúng về tình hình khan cạn tại một số vị trí trên sông Cầu, ngày 9/1/2017, Cục ĐTNĐ Việt Nam đã phối hợp với các cơ quan chức năng của UBND tỉnh Bắc Ninh cùng đơn vị tư vấn độc lập tiến hành đo xác suất 4/11 vị trí đoạn cạn thuộc dự án trên địa bàn tỉnh Bắc Ninh và báo cáo Bộ GTVT về kết quả khảo sát hiện trạng dự án. Trên cơ sở đó, Bộ GTVT có văn bản số 1689 ngày 22/02/2017 gửi tỉnh Bắc Ninh và các đơn vị liên quan.

Ngày 1/3/2017, Cục ĐTNĐ Việt Nam có văn bản yêu cầu nhà đầu tư chỉ được thi công trên địa bàn tỉnh Bắc Ninh khi được sự chấp thuận của UBND tỉnh. Như vậy, theo báo cáo của Cục ĐTNĐ Việt Nam, dự án triển khai thi công ngày 4/5/2015 (tạm dừng thi công trong mùa lũ từ ngày 26/5/2015 đến 25/10/2015).

Trong năm 2016, dự án tạm dừng thi công từ ngày 11/3/2016 đến ngày 30/11/2016 theo đề nghị của UBND tỉnh Bắc Ninh để kiểm tra hiện trạng luồng khu vực thực hiện dự án. Và từ ngày 30/11/2016 đến nay, dự án vẫn tạm dừng thi công trên địa bàn tỉnh Bắc Ninh.

Bộ GTVT đề nghị Thủ tướng Chính phủ chấp thuận để Bộ GTVT xây dựng Nghị định quy định nạo vét luồng đường thủy nội địa, vùng nước cảng, bến thủy nội địa; trong đó có phần sử dựng vốn ngân sách nhà nước và kết hợp tận thu sản phẩm, không sử dụng ngân sách nhà nước; Đề nghị UBND các tỉnh, thành phố không quy hoạch thăm dò, khai thác cát sỏi lòng sông thuộc diện tích các khu vực nạo vét, khơi thông luồng hàng hải, đường thủy nội địa quốc gia đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt (theo Chỉ thị số 03/CT-TTg ngày 30/3/2015 của Thủ tướng Chính phủ về việc tăng cường hiệu lực thực thi chính sách pháp luật về khoáng sản); Thực hiện đầy đủ các quy định của pháp luật về giao thông đường thủy nội địa trong hoạt động thăm dò, cấp phép khai thác mỏ vật liệu trong khu vực vùng nước hàng hải, luồng đường thủy nội địa quốc gia...