Năm 2001, ở tuổi 37 Fernandes đã quyết định đặt chân vào lĩnh vực hàng không bằng các tiếp quản hãng AirAsia. Lúc đó AirAsia sở hữu  2 chiếc máy bay và hàng triệu đô la tiền nợ. Ferrnades lúc đó chưa hề có kinh nghiệm làm việc trong ngành hàng không, ông đã cùng với một nhóm nhà đầu tư mua lại với giá khoảng 25 cent, tương đương 1 ringgit lúc bấy giờ.

Chỉ trong một thời gian ngắn, Fernades đã biến đổi AirAsia thành một hãng hàng không giá rẻ bằng các cắt bỏ các dịch vụ rườm rà tốn chi phí để cạnh tranh với đối thủ là hãng hàng không Malaysia. Hiện giờ, với các công ty con tại Indonesia và Ấn Độ, mỗi năm hãng hàng không này chuyên chở cả triệu hành khách tới hơn 80 địa điểm trên toàn thế giới.

Việc bùng nổ xu hướng đi máy bay giá rẻ trong những năm gần đây đã thay đổi bản đồ đường bay châu Âu. Airasia nhanh chóng phát triển, trong vòng 1 thập kỷ hãng hàng không đã chuyên chở khoảng 30 triệu hành khách mỗi năm.

Fernandes cũng là  một trong những gương mặt được biết đến nhiều nhất ở châu Á. Khi tham gia làm giám khảo của chương trình The Apprentice, ông không ngần ngại hoạt động tạo dựng hình ảnh táo bạo như Branson. Gần đây, hai người đã cược riêng với nhau và kết quả là ông trùm Virgin đã phải làm tiếp viên hàng không phục vụ khách trên các chuyến bay của AirAsia

“Đây là ác mộng tồi tệ nhất của tôi”, ông chia sẻ trên trang Twitter. “Nhưng chúng ta sẽ không dừng lại. Tôi nhắn gửi toàn bộ nhân viên ở AirAsia hãy mạnh mẽ và luôn là những người giỏi nhất. Hãy cầu nguyên, tiếp tục làm điều tốt nhất cho tất cả khách hàng. Gặp lại mọi người sau”.