Theo đơn khởi kiện, ngày 9/9/2016, Cục trưởng Cục Thuế TP.HCM ký quyết định thanh tra thuế tại Công ty Minh Hoàng.

Đến ngày 25/5/2017, cơ quan này ký kết luận thanh tra và quyết định xử lý về thuế, xử phạt hành chính đối với Công ty Minh Hoàng với số tiền là hơn 9,3 tỷ đồng về hành vi vi phạm thủ tục về thuế, hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp.

Ngoài ra, Cục Thuế còn ấn định số thuế mà Công ty Minh Hoàng phải nộp là hơn 689 triệu năm 2013 và hơn 671 triệu năm 2014. Bên cạnh đó, Cục Thuế TP.HCM thu hồi thuế GTGT của 7 kỳ hoàn thuế hai năm 2013 và 2014 với số tiền gần 40 tỷ đồng, tính tiền chậm nộp thuế GTGT bị thu hồi hơn 15 tỷ đồng điều chỉnh giảm lỗ hơn 4,4 tỷ.

Ngày 14/6/2017, Công ty Minh Hoàng gửi Đơn khiếu nại lần một đến Cục Thuế TP.HCM. Một tháng sau, Cục trưởng Cục Thuế TP.HCM ký quyết định cưỡng chế thi hành quyết định hành chính thuế bằng biện pháp trích tiền từ tài khoản của công ty này tại ngân hàng.

Đồng thời, Cục thuế cũng không công nhận nội dung đơn khiếu nại của Công ty Minh Hoàng.

Sau đó, Công ty Minh Hoàng đã gửi đơn khiếu nại tới Tổng cục Thuế- Bộ Tài chính.

Tháng 10/2018, Cục trưởng Cục Thuế TP.HCM ký quyết định cưỡng chế bằng biện pháp thông báo hóa đơn của doanh nghiệp không còn giá trị sử dụng.

Sau đó, Cục Thuế TP.HCM tiếp tục ban hành công văn thu hồi giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh, giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, giấy phép thành lập và hoạt động, giấy phép hành nghề của Công ty Minh Hoàng.

Ngày 25/6/2019, Tổng cục trưởng Tổng Cục Thuế - Bộ Tài Chính giải quyết khiếu nại của Công ty Minh Hoàng.

Theo đó, Tổng Cục Thuế đề nghị không thu hồi thuế GTGT 7 kỳ hoàn thuế hai năm 2013, 2014 của Công ty Minh Hoàng với số tiền hơn 39,7 tỷ đồng. Giao Cục Thuế TP.HCM thực hiện kiểm tra, rà soát 5/7 kỳ hoàn thuế còn lại chưa được kiểm tra sau hoàn và xác định lại thuế của công ty này trong năm 2013 - 2014.

Trước các yêu cầu này của Tổng Cục Thuế, Cục Thuế TP.HCM đã ban hành các văn bản chấm dứt những văn bản đã ban hành trước đó và giải tỏa việc  của Công ty Minh Hoàng.

Cho rằng việc thanh tra kéo dài kèm theo những quyết định bất hợp lý đã gây ảnh hưởng và thiệt hại nặng nề cho doanh nghiệp nên Công ty Minh Hoàng đã khởi kiện Cục Thuế TP.HCM, yêu cầu bồi thường hơn 68,7 tỷ đồng.

Tác giả: Thanh Phương