Theo KTNN, Việt Nam có khoảng 50% doanh nghiệp FDI kê khai lỗ, trong đó, nhiều doanh nghiệp thua lỗ liên tục trong nhiều năm liên tiếp. Tại TP.Hồ Chí Minh (TP.HCM), có tới gần 60% trong số trên 3.500 doanh nghiệp FDI thường xuyên kê khai lỗ trong nhiều năm; tỉnh Bình Dương (một trong những tỉnh thu hút được nhiều dự án FDI) cũng có đến 50% doanh nghiệp FDI báo cáo lỗ từ năm 2006 - 2011. 

Hoạt động chuyển giá của các doanh nghiệp FDI đã gây thất thu cho ngân sách Nhà nước (NSNN) hàng chục nghìn tỷ đồng trong nhiều năm qua. Quy mô các khoản thu NSNN này không nhỏ khi các doanh nghiệp FDI đã chiếm tới khoảng 20% GDP, 25% tổng vốn đầu tư toàn xã hội và trên 40% giá trị sản xuất công nghiệp, trên 50% tổng kim ngạch xuất khẩu, gần 50% tổng kim ngạch nhập khẩu, chiếm khoảng 30% tổng thu NSNN.

GS. TS. Đào Xuân Tiên đã chỉ ra ví dụ điển hình trường hợp của Coca - Cola. Theo Cục thuế TP.Hồ Chí Minh (TP.HCM), từ khi bắt đầu hoạt động ở Việt Nam năm 1992, Công ty Coca - Cola liên tục báo lỗ. Đến tháng 12/2012, tổng số lỗ lũy kế của Coca - Cola Việt Nam lên đến 3.768 tỷ đồng, vượt quá số vốn đầu tư ban đầu. Trong khi đó, sản lượng thực tế của công ty tăng trưởng khoảng 20% mỗi năm và công ty mở rộng nhà máy sản xuất. 

Hay như Metro Việt Nam, sau khoảng 12 năm hoạt động, đơn vị này đã 6 lần thay đổi giấy phép kinh doanh, nâng tổng vốn đầu tư tại Metro Việt Nam lên hơn 301 triệu USD. Tuy nhiên, Metro Việt Nam lại liên tục kê khai lỗ với số lỗ lũy kế lên đến 1.657 tỷ đồng và chỉ duy nhất năm 2010 là có lãi 173 tỷ đồng. Mặc dù lỗ, Metro Việt Nam vẫn tiếp tục mở thêm 19 điểm bán lẻ trên toàn quốc. 

Tại hội thảo, PGS.TS. Nguyễn Thị Phương Hoa, Trường đại học Kinh tế quốc dân đã chỉ ra loạt dấu hiệu nhận biết hành vi chuyển giá của các doanh nghiệp FDI. Cụ thể: Doanh  nghiệp FDI có tỷ suất lợi nhuận thấp hơn mức trung bình của ngành. Doanh nghiệp FDI có lãi trong thời gian được miễm thuế, nhưng sau đó báo lỗ khi hết thời hạn miễn thuế; chi cho các dịch vụ nội bộ/trong cùng hệ thống chiếm tỉ trọng lớn và kéo dài qua nhiều năm; chi mua máy móc thiết bị, dây chuyền sản xuất, nguyên vật liệu... từ bên liên kết với tỷ trọng lớn trong tổng mua sắm từ các nguồn…

Do vậy, PGS Nguyễn Thị Phương Hoa kiến nghị: Cần tăng cường trách nhiệm của kiểm toán độc lập trong kiểm toán Báo cáo tài chính (BCTC) của doanh nghiệp FDI. Kiểm toán hoạt động có dấu hiệu chuyển giá cần được thực hiện theo cả hai cách là kiểm toán riêng trong một cuộc kiểm toán hoặc kiểm toán kết hợp trong khi kiểm toán BCTC. 

“Kiểm toán hoạt động chuyển giá cũng cần được thực hiện tổng hợp trên tất cả các phương diện: khả năng chuyển giá ở giao dịch về hàng hoá cũng như giao dịch về dịch vụ, chuyển giá cả yếu tố đầu vào cũng như kết quả đầu ra của đơn vị…”, bà Phương Hoa nói.

Theo Phó Kiểm toán trưởng, KTNN chuyên ngành III Lê Thị Hồng Hạnh, để tạo niềm tin và động lực thu hút các nhà đầu tư nước ngoài vào Việt Nam, cần xây dựng hành lang pháp lý về FDI đầy đủ và phù hợp. Các quy định về nghĩa vụ thuế, hải quan, đất đai, môi trường, lao động... cần được đồng bộ hóa, tránh tình trạng chồng chéo, xâm lấn lẫn nhau, gây khó khăn và tâm lý e dè trong việc đưa ra quyết định đầu tư của doanh nghiệp FDI.

Đồng tình với quan điểm trên, Phó Chủ tịch Phòng Thương mại và Công nghiệp Việt Nam, ông Hoàng Quang Phòng cho rằng: Việt Nam cần điều chỉnh chính sách FDI, tập trung hướng dòng vốn này cho mục tiêu tái cấu trúc nền kinh tế gắn với đổi mới mô hình tăng trưởng nhằm tăng năng suất, hiệu quả và năng lực cạnh tranh của nền kinh tế.