Tháng 9/2016 Thanh tra Bộ Y tế đã tiến hành thanh tra toàn diện Công ty TNHH nước giải khát Suntory Pepsico Việt Nam. Đợt thanh tra được thực hiện tại các Công ty nước giải khát Suntory Pepsico khu vực miền trung, miền nam và các chi nhánh tại khu vực phía bắc, nhằm phát hiện các sơ hở, bất cập trong cơ chế quản lý, đánh giá việc chấp hành các quy định của pháp luật về bảo đảm an toàn thực phẩm, phát hiện và xử lý vi phạm nếu có. Trước khi thanh tra Pepsico, doanh nghiệp cũng từng dính không ít tai tiếng. Công ty này đã nhiều lần bị khách hàng tố mua phải sản phẩm bị lỗi, có dị vật. Thế nhưng, doanh nghiệp này luôn chọn giải pháp “im lặng” trước những sản phẩm lỗi của mình.

Nguồn gốc nguyên liệu dùng sản xuất các sản phẩm đồ uống, thực phẩm bổ sung của Pepsico Việt Nam đang lưu hành trên thị trường được người tiêu dùng Việt đặc biệt quan tâm và mong muốn được cơ quan hữu trách làm rõ.

Vấn đề ở đây là cơ quan hữu trách đã không chỉ rõ việc các nguyên liệu này Pepsico Việt Nam nhập khẩu từ các quốc gia khác nhau, đó là những quốc gia hay vùng lãnh thổ nào thì lại không được làm rõ. Thông tin không được công khai, minh bạch.

Theo kết luận của Thanh tra Bộ Y tế, Pepsico Việt Nam có 5 nhà máy trực thuộc công ty là: Nhà máy sản xuất nước giải khát đặt tại phường Thới An, Quận 12, TP. HCM; Chi nhánh Cty TNHH nước giải khát Suntory Pepsico Việt Nam tại Đồng Nai, khu công nghiệp Amata, TP. Biên Hòa, Đồng Nai; Chi nhánh  Pepsico Việt Nam tại khu công nghiệp Trà Nóc, TP. Cần Thơ; Chi nhánh Pepsico Việt Nam tại huyện Điện Bàn, Quảng Nam; Chi nhánh Pepsico Việt Nam tại khu công nghiệp VSIP, Bắc Ninh. Từ năm 2015 đến nay Pepsico Việt Nam sản xuất kinh doanh 51 sản phẩm thực phẩm. Trong đó có 33 sản phẩm thuộc nhóm nước giải khát, 17 sản phẩm thuộc nhóm thực phẩm bổ sung và 01 sản phẩm nước uống đóng chai.

Nhưng điều bất ngờ là ngoài các nhà máy như trên của Pepsico Việt Nam, Thanh tra Bộ Y tế cho biết là Pepsico Việt Nam còn hợp tác với các đơn vị khác gia công sản phẩm cho Pepsico Việt Nam. Đó là Nhà máy Tribeco (Khu công nghiệp VISIP, Bình Dương); Nhà máy Bia Sài Gòn miền Trung (Khu công nghiệp Phú Tài, tỉnh Bình Định); Nhà máy Nihon; Nhà máy Kirin Việt Nam Việt Nam ( đều ở Khu công nghiệp Mỹ Phước 2, Bình Dương). Pepsico Việt Nam và các đơn vị gia công trên có hợp đồng trách nhiệm với nhau. Pepsico Việt Nam chịu trách nhiệm hoàn toàn về chất lượng sản phẩm.