Theo hồ sơ, năm 2010, Tổng Công ty bất động sản Đông Á (Công ty Đông Á) thực hiện Dự án khu đô thị mới ven sông Hạc trên tổng diện tích 370,9 nghìn m2 theo hình thức Hợp đồng Xây dựng - Chuyển giao (BT). 

Công ty Đông Á đã hạch toán vào giá vốn bất động sản đầu tư, các chi phí đầu vào được doanh nghiệp kê khai, khấu trừ và hoàn thuế GTGT. Khi bán bất động sản, công ty này cũng ghi nhận doanh thu từ chuyển quyền sử dụng đất và doanh thu xây dựng cơ sở hạ tầng.

Phiên tòa xét xử sơ tẩm vụ án hành chính

Tuy nhiên, Cục Thuế Thanh Hóa lại tách thành 2 hoạt động trong cùng một dự án có tính chất đặc thù để thu thuế phần bất động sản là không hợp lý, dẫn đến trùng lặp doanh thu chịu thuế VAT.

Nhận thấy sự bất hợp lý, Công ty Đông Á đã làm đơn khiếu nại gửi Cục Thuế Thanh Hoá. Nhưng Cục Thuế Thanh Hoá không công nhận nội dung khiếu nại của công ty bất động sản này.

Ngày 12/12/2017, Công ty Đông Á gửi đơn khiếu nại tới Tổng cục Thuế về nội dung trên. Ngày 24/5/2018, Tổng cục Thuế đã có quyết định công nhận một phần nội dung trong đơn khiếu nại của Công ty Đông Á là đúng.

Cũng tại quyết định số 977/QĐ-TCT, Tổng cục Thuế yêu cầu Cục Thuế Thanh Hoá có trách nhiệm điều chỉnh Quyết định xử lý về thuế, xử phạt vi phạm hành chính qua thanh tra việc chấp hành pháp luật về thuế đối với Công ty Đông Á. Dù vậy, Cục Thuế Thanh Hoá vẫn không thực hiện điều chỉnh. 

Ngày 3/3/2019, Công ty Đông Á đã khởi kiện vụ án hành chính đối với ông Ngô Đình Hùng, Cục trưởng Cục Thuế Thanh Hoá về việc ban hành QĐ số 12 ngày 4/1/2019. Ngày 24/9/2019, TAND tỉnh Thanh Hóa đã mở phiên toà xét xử sơ thẩm vụ án.

Kết thúc phiên tòa, HĐXX chấp nhận yêu cầu của Công ty Đông Á về việc hủy một phần Quyết định số 12 ngày 4/1/2019 của Cục trưởng Cục Thuế Thanh Hoá; huỷ việc phạt hành vi khai sai dẫn tới thiếu số tiền thuế giá trị gia tăng và thu nhập doanh nghiệp phải nộp là hơn 619 triệu đồng; truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp 1,62 tỷ đồng; số tiền chậm nộp thuế giá trị gia tăng hơn 500 triệu đồng, số tiền chậm nộp thuế thu nhập doanh nghiệp 314 triệu đồng.

 Lương Diễn