Theo cáo trạng, các bị cáo Phạm Thị Hằng, cựu Giám đốc Sở GD-ĐT tỉnh Thanh Hóa; Lê Văn Cương, Trưởng phòng Tài chính, kế hoạch; Trịnh Hữu Nghĩa và Nguyễn Văn Phụng, cùng là Phó phòng Tài chính, Kế hoạch; Bùi Trí Thức, chuyên viên Phòng Tài chính, kế hoạch; Lê Thế Sơn, Vũ Thị Ninh, Đặng Xuân Minh, Nguyễn Quốc Việt, Hồ Thị Sáu, Nguyễn Duy Linh, Bùi Việt Long đã có hành vi thông thầu, không đảm bảo công bằng minh bạch, tiết lộ tiếp nhận những tài liệu, thông tin về quá trình lựa chọn nhà thầu vi phạm quy định về đấu thầu theo Điều 89, Luật Đấu thầu 2013, gây thiệt hại ngân sánh nhà nước 20,8 tỉ đồng.

Cụ thể, tại gói thầu số 1 giá trị thực tế là 24,9 tỉ đồng nhưng đã được Sở GD-ĐT tỉnh Thanh Hóa nâng khống lên 32,6 tỉ đồng (chênh lệch 7,6 tỉ đồng). Tại gói thầu số 2, giá trị thẩm định thực tế là 73,7 tỉ đồng, trong khi gói thầu do Sở GD-ĐT tỉnh Thanh Hóa thực hiện gần 87 tỉ đồng (nâng khống 13,2 tỉ đồng). Tổng giá trị 2 gói thầu do Sở GD-ĐT tỉnh Thanh Hóa nâng khống, gây thất thoát ngân sách nhà nước là trên 20,8 tỉ đồng.