Theo một báo cáo của VEC, sau hơn 4 năm trạm thu phí Đại Xuyên đi vào hoạt động, có tới 146 vụ ùn tắc nhất là vào ngày cuối tuần và dịp lễ. Hơn nữa, từ khi trạm thu phí được khai thác bởi 2 đơn vị là VEC và Cty CP  BOT Pháp Vân thì tình trạng ùn tắc càng nghiêm trọng hơn, do chưa kết hợp được hình thức thu phí chung nên có nhiều thao tác gây ra tình trạng phương tiện dừng đỗ lâu khi qua trạm. Ngoài ra số vụ va chạm giao thông trên đường cũng thường xuyên xảy ra do khoảng cách các xe không đảm bảo.

Ngoài ra, VEC cũng cho rằng trạm thu phí Đại Xuyên được đặt trên chính tuyến điểm giữa của  tuyến cao tốc Pháp Vân – Cầu Giẽ - Ninh Bình, vị trí này không hợp lý, gây mất mỹ quan, tạo nút thắt trên đường cao tốc.

Thêm vào đó, khoảng cách giữa trạm thu phí BOT Pháp Vân và trạm thu phí Đại Xuyên cũng quá ngắn (khoảng 30km), với số lượng nhân viên làm việc khoảng 72 người, để vận hành trạm Đại Xuyên mất chi phí khoảng 5,3 tỷ đồng/năm, điều này ảnh hưởng đến hiệu quả đầu tư khai thác hoàn vốn dự án cao tốc Cầu Giẽ - Ninh Bình.

Với những lý do nêu trên, hồi tháng 7/2016, VEC đã đề nghị Bộ Giao thông Vận tải, Tổng cục Đường bộ VN cho phép dỡ bỏ trạm thu phí Đại Xuyên.