Vận chuyển đạm Phú Mỹ tại kho hàng của PVFCCo tại Cần Thơ. Ảnh: Huy Hùng/TTXVN

“Trước ngày 1/1/2015, theo đề nghị của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn – NN&PTNT, để tháo gỡ khó khăn cho nông dân, Bộ Tài chính đã trình Chính phủ để trình Quốc hội điều chỉnh phân bón từ đối tượng chịu thuế suất 5% về đối tượng không chịu thuế và hàng hóa mua vào hoặc nhập khẩu để tạo tài sản cố định của dự án đầu tư, sản xuất phân bón được khấu trừ hoặc hoàn thuế GTGT đầu vào”, Bộ trưởng Đinh Tiến Dũng nói.

Tuy nhiên theo “tư lệnh” ngành Tài chính, Ủy ban Thường vụ Quốc hội không nhất trí cho phép khấu trừ, hoàn thuế GTGT đầu vào với lý do là không phù hợp với nguyên tắc của thuế GTGT. Do vậy, Quốc hội đã thông qua Luật số 71/2014/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều tại các Luật về thuế có hiệu lực từ 1/1/2015 quy định phân bón thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.

Tuy nhiên, trên thực tế, việc quy định không chịu thuế GTGT mặt hàng phân bón đã gây bất lợi cho sản xuất phân bón trong nước do toàn bộ thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào không được khấu trừ và phải tính vào chi phí sản xuất và được tính vào giá thành sản xuất phân bón cũng như giá bán; trong khi phân bón nhập khẩu không chịu thuế GTGT. Do vậy, theo đề nghị của Bộ Công thương, Bộ NN-PTNT, Hiệp hội phân bón Việt Nam đã kiến nghị nhiều lần từ năm 2015 đến nay, kể từ khi Luật số 71/2014/QH13 có hiệu lực.

Lãnh đạo Tập đoàn Hoá chất Việt Nam chia sẻ: Toàn bộ số thuế GTGT đầu vào cho sản xuất sản phẩm phân bón trong nước phải tính vào chi phí sản xuất kinh doanh, làm giá thành sản phẩm tăng thêm 6 - 8%, tùy từng loại phân bón. Ước tính 5 năm kể từ khi Luật 71/2014/QH13 được áp dụng, thuế GTGT đầu vào làm tăng chi phí sản xuất phân bón của các đơn vị sản sản xuất phân bón trong nước. Cụ thể: Tại các đơn vị thuộc Tập đoàn Hóa chất Việt Nam là 3.646 tỷ đồng (năm 2015: 825 tỷ đồng, năm 2016: 588,8 tỷ đồng, năm 2017: 755,5 tỷ đồng, năm 2018: 767,7 tỷ đồng, năm 2019: 709 tỷ đồng); Ngoài ra, thuế GTGT không được tính vào tổng mức đầu tư, tăng nguyên giá tài sản cố định, trong 4 năm là 118,4 tỷ đồng.

Như vậy, việc phân bón không phải chịu thuế GTGT tưởng như có lợi cho doanh nghiệp Việt nhưng lại đang có tác động ngược lại, bởi do không chịu thuế GTGT nên doanh nghiệp không được khấu trừ thuế GTGT của nguyên vật liệu, dịch vụ dùng cho sản xuất phân bón, dẫn tới chi phí sản xuất phân bón tăng, hệ quả là giá thành phân bón trong nước tăng lên, giảm sức cạnh tranh của phân bón trong nước so với phân bón nhập khẩu.

Thống kê của Hiệp hội Phân bón Việt Nam, kể từ năm 2015, giá thành phân đạm trong nước tăng 7,2 - 7,6%; phân DAP tăng 7,3 - 7,8%; phân Supe lân tăng 6,5 - 6,8%; phân NPK và hữu cơ tăng từ 5,2 - 6,1%... so với những năm trước đó khi còn áp dụng thuế GTGT 5% đối với phân bón.

Do vậy, theo Bộ trưởng Bộ Tài chính, nếu chuyển phân bón sang đối tượng áp dụng thuế suất 5%, số thuế GTGT đầu vào hàng năm là khoảng 1.200 tỷ đồng/năm, doanh nghiệp sẽ được khấu trừ và không phải tính vào chi phí sản xuất cũng như giá thành sản phẩm. Chính phủ sẽ chỉ đạo các doanh nghiệp phân bón trong nước, giảm giá bán tương ứng với giá thành để người nông dân không bị ảnh hưởng.

Do đó, phân bón sản xuất trong nước có thêm điều kiện để cạnh tranh với phân bón nhập khẩu (phân bón nhập khẩu phải chịu thuế suất GTGT 5% tương tự phân bón sản xuất trong nước), từ đó phân bón sản xuất trong nước có thêm cơ hội để giảm giá thành, hạ giá bán so với phân bón nhập khẩu theo cơ chế thị trường.