Bên cạnh vấn đề về tăng trưởng tín dụng, HDBank cũng phải đối mặt với việc trích lập dự phòng của ngân hàng còn mỏng hơn so với bình quân ngành. Ngân hàng mẹ đã trích khoảng 257 tỉ đồng chi phí dự phòng, giảm 38,8% so với năm trước. Tuy nhiên, tỉ lệ chi phí dự phòng cụ thể thực tế/ chi phí dự phòng cụ thể tối đa (không tính gái trị tài sản bảo đảm) là rất thấp.

Điều này hàm ý rằng tổng giá trị tài sản bảo đảm do HDBank nắm giữ có thể ở mức cao hơn so với các ngân hàng khác và nếu HDBank cần phải trích lập dự phòng toàn bộ cho các khoản nợ xấu và xoá các khoản nợ này trong trường hợp nợ xấu tăng cao thì cần phải trích lập đáng kể chi phí dự phòng. Nếu ước mức trích lập khoảng 50% (tỉ lệ bình quân ngành) thì HDBank sẽ cần trích lập thêm 300 tỉ đồng chi phí dự phòng cụ thể.

Hệ số CAR của ngân hàng mẹ đã giảm từ 13,4% cuối năm 2017 lên 11,2%. Trong đó hệ số CAR từ vốn cấp 1 là 9,9%, từ vốn cấp 2 là 1,3% do trái phiếu cấp 2 đã giảm từ tháng 2/2018. Do đó, HDBank đứng trước thách thức cần phải sớm tăng vốn. Mặc dù việc sáp nhập PG Bank sẽ không tạo ra áp lực làm giảm CAR nhưng sau sáp nhập HDBank dự kiến mua lại 38% số lượng cổ phiếu PG Bank làm cổ phiếu quĩ ngay sau khi phân phối cho cổ đông HDBank. Số cổ phiếu này sẽ được bán đấu giá cho nhà đầu tư với giá cao khi thị trường thuận lợi. Điều này làm cho hệ số CAR sau sáp nhập sẽ không cải thiện nhanh.

HDBank dự kiến phát hành khoảng 300 triệu trái phiếu chuyển đổi (tương đương 6.900 tỉ đồng và 70% số lượng cổ phiếu lưu hành) cho nhà đầu tư nước ngoài với mục đích nâng cao năng lực vốn. Tuy nhiên, do thông tin cụ thể về lãi suất, coupon, giá chuyển đổi, thời gian chuyển đổi,...

Theo HSC, do qui mô phát hành lớn nên điều này sẽ ảnh hưởng đáng kể đến lợi nhuận của HDBank và tạo ra rủi ro pha loãng cổ phiếu.