Tuy nhiên, nhiệm vụ này đến nay vẫn còn nhiều khó khăn thách thức. Hiện TP Hồ Chí Minh còn 157 hồ sơ hoàn thuế giải quyết chậm so với thời gian quy định và TP Hà Nội còn 37 hồ sơ. Ngoài ra, các địa phương như Cà Mau còn 112 hồ sơ giải quyết chậm, Đồng Nai còn 159 hồ sơ, Hải Dương còn 103 hồ sơ, An Giang còn 46 hồ sơ...

Phó Tổng cục trưởng Tổng cục thuế Nguyễn Đại Trí

Nếu như hồ sơ đủ điều kiện để hoàn trước kiểm tra sau thì sẽ hoàn thiện ngay quy trình thủ tục và hoàn thuế trong 6 ngày. Những trường hợp hồ sơ thiếu, cơ quan thuế sẽ yêu cầu người nộp thuế, doanh nghiệp bổ sung giải trình và nếu bổ sung giải trình đó không thỏa đáng không đầy đủ thì sẽ chuyển sang quy trình kiểm tra trước hoàn sau tức là 40 ngày. Ông Trí cũng giải thích thêm: thời hạn 6 ngày đối với hoàn trước kiểm tra sau và 40 ngày đối với kiểm tra trước hoàn sau là không bao gồm thời gian người nộp thuế giải trình bổ sung hồ sơ và không bao gồm thời gian người nộp thuế chưa nhận được tiền hoàn sau khi đã có quyết định.

Ngoài các lí do được cho là từ phía người được hoàn thuế như trên, lãnh đạo Tổng cục thuế cũng khách quan nhìn nhận: “Để chấn chỉnh, cải thiện câu chuyện hoàn thuế chậm này, chúng tôi đã có rất nhiều biện pháp. Hiện nay theo chỉ đạo của Bộ tài chính, Tổng cục thuế đang chủ trì xây dựng thông tư mới sửa đổi bổ sung thông tư 156 về quy trình hoàn thuế GTGT để có thể đưa vào vận hành trong thời gian tới”.