Tổng cục Thuế cho biết, năm 2023, với chỉ đạo quyết liệt của Quốc Hội, Chính phủ, Bộ Tài chính và sự nỗ lực của cơ quan thuế các cấp, công tác quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) của toàn ngành thuế các tháng cuối năm đã có nhiều chuyển biến và đạt được những kết quả tích cực hơn trước, góp phần tạo điều kiện cho doanh nghiệp phục hồi, phát triển sản xuất kinh doanh, xuất khấu hàng hóa; đồng thời, công tác kiểm tra, kiểm tra hoàn thuế đã được thực hiện hiệu quả, qua đó phát hiện, xử lý nhiều vụ việc vi phạm về hóa đơn và hoàn thuế GTGT.

Tuy nhiên, tại một số Cục Thuế tỉnh, thành phố chưa chủ động trong tổ chức thực hiện công tác quản lý hoàn thuế GTGT, vẫn còn tình trạng chậm, muộn trong công tác giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT.

Theo đó, để tiếp tục thực hiện tốt hơn nữa công tác giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT, trong năm 2024, Tổng cục Thuế yêu cầu các Cục Thuế khẩn trương thực hiện ngay các nhiệm vụ sau:

Thứ nhất, Cục trưởng chịu trách nhiệm toàn diện về công tác quản lý hoàn thuế GTGT trên địa bàn, có trách nhiệm bố trí đầy đủ nguồn lực, chỉ đạo tổ chức thực hiện hoàn thuế đúng thẩm quyền, đúng quy định pháp luật; quán triệt đến toàn thể cán bộ, công chức về kỷ cương, kỷ luật của ngành, về quyền hạn, nghĩa vụ và trách nhiệm của cán bộ, công chức được giao nhiệm vụ hoàn thuế GTGT đảm bảo giải quyết hồ sơ hoàn thuế của NNT đúng thời hạn (06 ngày làm việc đối với hồ sơ được phân loại hoàn thuế trước và 40 ngày đối với hồ sơ được phân loại kiểm tra trước kể từ ngày cơ quan thuế ban hành Thông báo chấp nhận hồ sơ đề nghị hoàn của người nộp thuế); đảm bảo giải quyết hoàn thuế đúng đối tượng và trường hợp được hoàn theo quy định của pháp luật thuế và pháp luật quản lý thuế.

Căn cứ đặc thù công tác quản lý thuế của từng địa bàn, Cục trưởng Cục Thuế có biện pháp tăng cường quản lý, giám sát tiến độ thực hiện của các bộ phận, công chức được giao nhiệm vụ liên quan đến giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT.

Thứ hai, rà soát các doanh nghiệp có hoạt động xuất khẩu hàng hóa, dịch vụ và dự án đầu tư trên địa bàn để chủ động tuyên truyền, hướng dẫn ngay từ khâu kê khai hồ sơ khai thuế, kê khai hồ sơ đề nghị hoàn thuế và các thủ tục về hoàn thuế theo quy định tại Nghị định 126/2020/NĐ-CP và Thông tư 80/2021/TT-BTC để hỗ trợ doanh nghiệp hạn chế các vướng mắc trong việc chuẩn bị hồ sơ đề nghị hoàn thuế đảm bảo kịp thời, đầy đủ, đúng quy định.

Thứ ba, tổ chức tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT theo đúng thành phần, thủ tục hồ sơ quy định tại Điều 28 Thông tư 80/2021/TT-BTC, trường hợp hồ sơ chưa được chấp nhận do chưa đủ thủ tục thì phải thông báo bằng văn bản cho NNT ghi rõ lý do không chấp nhận hồ sơ theo quy định tại Điều 32 Thông tư 80/2021/TT-BTC.

Thứ tư, đối với các doanh nghiệp đã được hoàn thuế, phân công các đơn vị chủ động rà soát, thu thập thông tin để xây dựng cơ sở dữ liệu thông tin về doanh nghiệp hoàn thuế GTGT, thông tin về các bên liên quan (bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ cho doanh nghiệp hoàn thuế, thông tin khách hàng nhập khẩu của doanh nghiệp hoàn thuế) theo các kỳ hoàn thuế để có đầy đủ thông tin phục vụ việc phân tích, đánh giá rủi ro đối với doanh nghiệp hoàn thuế và các bên liên quan, trên cơ sở đó, lựa chọn đối tượng để thực hiện kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế đối với doanh nghiệp đã được hoàn thuế và thanh tra, kiểm tra các bên liên quan (theo thứ tự ưu tiên thực hiện trước đối với các doanh nghiệp đang tiếp tục hoàn thuế năm 2024).

Việc thu thập thông tin, đánh giá, phân tích rủi ro phải căn cứ vào từng hồ sơ, thông tin quản lý thuế cụ thể và thực tiễn công tác quản lý thuế trên địa bàn để triển khai thực hiện; áp dụng đầy đủ nguyên tắc quản lý rủi ro quy định tại Luật Quản lý thuế 2019, các văn bản hướng dẫn thi hành, các quy trình nghiệp vụ và các bộ tiêu chí, chỉ số rủi ro và tài liệu hướng dẫn đào tạo nghiệp vụ của Tổng cục Thuế.

Trường hợp phát hiện bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ có rủi ro cao, cơ quan thuế quản lý doanh nghiệp hoàn thuế đề xuất bổ sung kế hoạch thanh tra, kiểm tra để thực hiện thanh tra, kiểm tra bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ cho doanh nghiệp hoàn thuế theo quy định; hoặc có văn bản đề nghị cơ quan thuế quản lý bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ đề xuất bổ sung kế hoạch thanh tra, kiểm tra bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ cho doanh nghiệp hoàn thuế.

Cơ quan thuế quản lý bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ cho doanh nghiệp hoàn thuế khi nhận được văn bản đề nghị của cơ quan thuế quản lý doanh nghiệp hoàn thuế phải đề xuất bổ sung kế hoạch thanh tra, kiểm tra để thực hiện thanh tra, kiểm tra bên cung cấp hàng hóa dịch vụ cho doanh nghiệp hoàn thuế; hoặc kịp thời cung cấp thông tin về việc đã thanh tra, kiểm tra, xử lý vi phạm cho cơ quan thuế quản lý doanh nghiệp hoàn thuế. Trường hợp qua phân tích, đánh giá, nếu xác định bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ không thuộc diện rủi ro cao thì trả lời cho cơ quan thuế quản lý hoàn thuế biết.

Thứ năm, Cơ quan Thuế thực hiện áp dụng các biện pháp nghiệp vụ và thực hiện các công việc để giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT theo đúng quy định tại Điều 34 và Điều 35 Thông tư 80/2021/TT-BTC.

Đối với các hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT được phân loại kiểm trước đang kiểm tra, xác minh số thuế đủ điều kiện hoàn thì phải thông báo cho NNT lý do chưa thực hiện hoàn thuế do còn phải xác minh đảm bảo công khai, minh bạch. Cơ quan thuế phải thực hiện giải quyết hoàn thuế cho NNT đối với số thuế đã có kết quả kiểm tra, xác minh đủ điều kiện hoàn, không chờ kết quả xác minh toàn bộ mới giải quyết hoàn thuế cho NNT theo quy định tại Điều 34 Thông tư 80/2021/TT-BTC.

Đối với các hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT chưa đủ điều kiện hoàn thuế hoặc không được hoàn thuế thì Cục Thuế ban hành văn bản thông báo trả lời cho NNT biết theo mẫu số 04/TB-HT ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC.

Đối với các hồ sơ đề nghị hoàn thuế của doanh nghiệp xuất khẩu đang được kiểm tra, xác minh mà đã quá thời hạn giải quyết theo quy định, trường hợp kết quả kiểm tra, xác minh đến thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế chưa phát hiện các hành vi gian lận về thuế thì cơ quan thuế căn cứ hồ sơ và các tài liệu kèm theo của doanh nghiệp cung cấp để xác định số thuế đủ điều kiện hoàn thuế và thực hiện giải quyết hoàn thuế theo quy định.

Trường hợp sau khi giải quyết hoàn thuế, cơ quan Thuế phát hiện doanh nghiệp có hành vi kê khai sai về số thuế đề nghị hoàn thuế thì cơ quan thuế thu hồi số tiền thuế đã hoàn, xử phạt và tính tiền chậm nộp (nếu có) theo quy định, đồng thời doanh nghiệp chịu hoàn toàn trách nhiệm trước pháp luật đối với hành vi vi phạm của mình.

Thứ sáu, chủ động phối hợp với các cơ quan chức năng để phòng ngừa việc lợi dụng chính sách hoàn thuế GTGT nhằm chiếm đoạt ngân sách nhà nước. Đối với hồ sơ đề nghị hoàn thuế cơ quan Thuế phát hiện hành vi, dấu hiệu gian lận nhằm trục lợi tiền hoàn thuế từ ngân sách nhà nước thi củng cố hồ sơ để chuyển cơ quan công an điều tra, đồng thời thông báo bằng văn bản cho NNT được biết và căn cứ kết luận của cơ quan chức năng để xử lý theo Điều 34, Điều 35 Thông tư 80/2021/TT-BTC.

Thứ bảy, về công tác kiểm tra để giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT:

+ Đẩy mạnh việc khai thác và tổng hợp thông tin từ hệ thống ứng dụng công nghệ thông tin hiện có của ngành và thông tin nhận được từ bên thứ ba (Hải quan, Ngân hàng,...) để thực hiện kiểm tra, giám sát việc hoàn thuế theo quy định của pháp luật. Cục Thuế tổ chức thực hiện kiểm tra hoàn thuế theo quy định tại Điều 77, Điều 110, Điều 112, Điều 115 Luật Quản lý thuế 2019 và các văn bản hướng dẫn thi hành, Quy trình kiểm tra thuế ban hành kèm theo Quyết định 970/QĐ-TCT ngày 14/7/2023.

+ Đối với các hồ sơ được phân loại kiểm tra trước hoàn thuế, Cục Thuế tổ chức thực hiện phân công, triển khai việc kiểm tra hồ sơ hoàn thuế ngay khi tiếp nhận hồ sơ. Trong quá trình kiểm tra, nếu phát sinh lý do bất khả kháng, không thể tiếp tục thực hiện kiểm tra thì Trưởng đoàn kiểm tra báo cáo người ban hành Quyết định kiểm tra để ban hành Thông báo tạm dừng kiểm tra.

Lý do bất khả kháng được thực hiện theo quy định tại khoản 27 Điều 3 Luật Quản lý thuế 2019 và khoản 1 Điều 3 Nghị định 126/2020/NĐ-CP. Lãnh đạo Cục Thuế, Lãnh đạo bộ phận thanh tra, kiểm tra thuế chịu trách nhiệm tổ chức giám sát từng đoàn kiểm tra đảm bảo thủ tục, trình tự theo đúng quy định của Luật Quản lý thuế 2019, quy trình kiểm tra thuế ban hành kèm theo Quyết định 970/QĐ-TCT ngày 14/7/2023.

+ Quá thời gian giải quyết hoàn thuế mà chưa có kết quả trả lời từ phía cơ quan chức năng, Cục Thuế có văn bản đôn đốc, đề nghị cơ quan chức năng có ý kiến về lý do của việc chưa cung cấp được thông tin; thực hiện kết thúc kiểm tra đúng thời hạn và giải quyết hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại điểm đ khoản 1 Điều 34 Thông tư 80/2021/TT-BTC.

+ Trường hợp doanh nghiệp thuộc kế hoạch thanh tra, kiểm tra tại trụ sở NNT đã được phê duyệt có hồ sơ đề nghị hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước hoàn, Cục Thuế ưu tiên thực hiện công tác kiểm tra hồ sơ đề nghị hoàn thuế, bố trí, sắp xếp nguồn lực triển khai kế hoạch phù hợp với quy định về thanh tra, kiểm tra thuế, quy định về giải quyết hoàn thuế tại Luật Quản lý thuế 2019 và các văn bản hướng dẫn thi hành.

Thứ tám, công tác thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế phải được thực hiện quyết liệt nhằm kiểm soát chặt chẽ việc hoàn thuế GTGT đảm bảo đúng chính sách, quy định của pháp luật. Cục Thuế phân công nhiệm vụ, giao nhiệm vụ kiểm tra sau hoàn thuế một cách cụ thể, rõ ràng đến từng bộ phận. Cơ quan thuế thực hiện thanh tra, kiểm tra sau hoàn đối với quyết định hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau theo quy định tại Điều 77, Điều 110, Điều 112, Điều 115 Luật Quản lý thuế 2019 và các văn bản hướng dẫn thi hành, quy định tại Luật Thanh tra 2022 và các văn bản hướng dẫn thi hành, Quy trình thanh tra thuế ban hành kèm theo Quyết định 1404/QĐ-TCT ngày 28/7/2015, Quy trình kiểm tra thuế ban hành kèm theo Quyết định 970/QĐ-TCT ngày 14/7/2023.

Trường hợp phát hiện doanh nghiệp có hành vi vi phạm về sử dụng hóa đơn không hợp pháp hoặc sử dụng không hợp pháp hóa đơn, trục lợi trong hoàn thuế và các hành vi vi phạm pháp luật khác nhằm chiếm đoạt ngân sách nhà nước thì phối hợp với cơ quan chức năng có thẩm quyền để xử lý nghiêm theo quy định của pháp luật.

Đối với số tiền thuế đã giải quyết theo hồ sơ hoàn trước cho NNT nhưng khi thanh tra, kiểm tra sau hoàn đến thời điểm kết thúc thanh tra, kiểm tra tại trụ sở NNT vẫn chưa có kết quả trả lời, xác minh của các cơ quan có liên quan, cơ quan Thuế phải nêu rõ trong biên bản kiểm tra, kết luận thanh tra, kiểm tra về việc chưa đủ căn cứ kết luận số tiền thuế đủ điều kiện hoàn thuế. Khi có kết quả trả lời, xác minh của các cơ quan có liên quan, cơ quan Thuế xác định số tiền thuế đã hoàn không đủ điều kiện được hoàn thuế thì ban hành Quyết định về việc thu hồi hoàn thuế và xử phạt, tính tiền chậm nộp (nếu có) theo quy định tại Điều 77, Điều 113 Luật Quản lý thuế 2019 và Điều 39 Thông tư 80/2021/TT-BTC.

Thứ chín, khẩn trương giải quyết, xử lý dứt điểm các hồ sơ đề nghị hoàn thuế còn tồn đọng từ năm 2023 chuyển sang, đảm bảo thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại Điều 75 Luật Quản lý thuế 2019; trường hợp NNT không đồng ý với quyết định của Cơ quan Thuế thì có quyền thực hiện khiếu nại, khởi kiện theo quy định pháp luật về quản lý thuế.

Tác giả: Tuệ Minh