Đáng chú ý về số lượng cấp phó, theo quy định hiện hành, Tổng cục Thuế có không quá 3 Phó Tổng cục trưởng. Dự thảo lần này được sửa đổi theo hướng Tổng cục Thuế có không quá 4 bốn Phó Tổng cục trưởng theo quy định. Bộ Tài chính lý giải, điều này được thực hiện theo quy định tại khoản 2 Điều 40 Luật tổ chức Chính phủ, quy định “số lượng cấp phó của người đứng đầu Tổng cục không quá 4 người”.

Về cơ quan Thuế ở địa phương, đối với tổ chức cơ quan Thuế ở các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương (gọi chung là Cục Thuế cấp tỉnh), được giữ nguyên như hiện nay (theo đơn vị hành chính cấp tỉnh).

Đối với tổ chức Chi cục thuế trực thuộc Cục thuế cấp tỉnh, Bộ Tài chính đưa phương án tổ chức, sắp xếp lại theo hướng thu gọn các Chi cục có quy mô nhỏ để hình thành Chi cục theo khu vực (không theo đơn vị hành chính) thuộc Cục Thuế cấp tỉnh, nhằm bảo đảm theo chủ trương của Đảng về tinh gọn bộ máy, tinh giản biên chế và cơ cấu lại đội ngũ cán bộ, công chức, viên chức theo Nghị quyết số 39 của Bộ Chính trị; Nghị quyết số 18 của Ban Chấp hành Trung ương về sắp xếp tổ chức bộ máy tinh gọn, hoạt động hiệu lực, hiệu quả và Nghị quyết số 19 của Ban Chấp hành Trung ương về đổi mới tổ chức và quản lý, nâng cao chất lượng, hiệu quả của đơn vị sự nghiệp công lập.

Do vậy, tại dự thảo quyết định sẽ bỏ quy định cấp chi cục được tổ chức theo đơn vị hành chính cấp huyện và được quy định: Chi cục Thuế ở các quận, huyện, thị xã, thành phố; liên quận, huyện, thị xã, thành phố thuộc tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương (gọi chung là Chi cục Thuế cấp huyện) trực thuộc Cục Thuế cấp tỉnh.